新型コロナ | 本気で新型コロナウイルス(COVID-19)情報がほしい人へ…

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とある情報筋からの情報です。
 
本気で新型コロナ情報を探し求めている方へ…ええ、ええ、内容結構ハードカモ鴨長明ですが、ぜひご一読ください。
 
 
 
 
新型コロナウイルスの感染力について、少し調べてみました。

最初の情報は、UT/AustinとNIH/VRC(Vaccine Research Center)による共同研究成果(Science誌掲載)上の発表に基づくものです。SARSを引き起こしたコロナウイルス(SARS-CoV)に比べて、新型コロナウイルス(COVID-19)のスパイクは、細胞の受容体(ACE2受容体)に10倍~20倍強力に結びついて侵入できるそうです。 COVID-19 が、一本鎖・プラス鎖RNAウイルスとしては最大の大きさと複雑さを誇っていることの一つの特性のようです。

The paper depicted the similarities and differences between the structures of the SARS-CoV and COVID-19 spike proteins. In vitro assays showed that prefusion COVID-19 spike binds ACE2 10-20 times more strongly than the SARS-CoV spike protein. “The spike protein, in its prefusion conformation, doesn’t bind to several of the published SARS-specific monoclonal antibodies,” added Corbett. (https://www.biocentury.com/article/304474/how-covid-19-spike-cryo-em-structure-could-guide-vaccine-mab-development

この強力な感染力を踏まえての発言だと予測されますが、ハーバード大学感染症研究所所長のMarc Lipsitch教授/Harvard T.H. Chan School of Public Health’s Center for Communicable Disease Dynamics は、「地球上の成人の40-70%が感染することになるだろう」と予測していました。また、「子供に関しては不明だが」、との前置きで、「でも症状が軽いから検査されていないだけで、湖北省のサンプルから類推する限り、成人の感染状況とあまり変わらないのでは」としています。さらに、今更ながらですが、我々老人&男性の死亡率の高さにも言及していました。地球の歴史の中で何度も繰り返されてきた高齢者層の淘汰の現象、しかも、その強烈な現象に我々の世代が直面しているのかもしれません。まさいVirolution*です。
 
*Virolution:ウイルス進化論

It’s definitely the case that the older you are, the more at risk of getting infected you are and, if you get symptomatic infection, the more at risk of dying you are. Men also seem to be overrepresented among those getting severe illness. (https://news.harvard.edu/gazette/story/2020/02/key-coronavirus-question-how-are-children-affected/

なお、とても興味深いことだと思いますが、2003年のSARSの時には、台湾ではヒト白血球抗原(HLA)のHLA-B*4601というタイプの遺伝子を持っている人達のみが深刻化したそうです。台湾では、高砂族のような現地人の方にはSARS患者がゼロだったそうです。彼らの同遺伝子保有率は0.9%。
この遺伝子の日本人比率は、平均で5%のようですね。でもアイヌの人達は1%。
中国人、特に同国の少数民族の方々の同比率は凄いですね。
 
このWikipediaのマップで興味深いのは、タイ・ベトナム・シンガポールは中国と同じ焦げ茶色で同比率が高いですが、インドネシア、カンボジア、ラオス、ミャンマーやパプアニューギニアは黒色あるいは緑色で低い(?)ということです。今日現在では、 インドネシア、カンボジア、ラオス、ミャンマーやパプアニューギニアでの感染例はゼロです。検査キットがないということも関係しているでしょうが、もし事実だとしたら、人類多様性の素晴らしさを感じます。

ちなみに、2003年のSARA流行の時には、日本国内でのSARS感染確認例はゼロだったようです。

「日本国内の医療機関から届けられた報告症例総数は、2003年6月末で68例(疑い例52例、可能性例16例)でしたが、すべてが除外規定{1.他の診断によって病状が説明できるもの,2.標準の抗生剤治療等で、3日以内に症状の改善を見るもの(細菌性感染等抗生剤反応性疾患の可能性が高い)}に一致したため、最終的に流行期を通じてSARSの確認例はありませんでした(IASR Vol.24 No.7 p 156-159)。」(http://idsc.nih.go.jp/disease/sars/QA/QAver2-01b.html
 
 
「HLA and Associated Important Diseases」(2014)という専門書のに下記の一節があります。HLA/ヒト白血球抗原は、HIVなどへのかかり易さなどにも関わっているようです。

「The HLA alleles that are closely related to the infection of SARS, such as B*4601, B*5401, Cw0801, and DRB1*0301, as found among populations from Taiwan, Hong Kong, and mainland China, are types of HLA alleles that are relatively common in the Chinese population.」

上記の4つの遺伝子のうちB*4601,、B*5401、 Cw0801 は国・東南アジアが多いようです。
 
 
CW0801は、漢族、特に南の方の漢族に多いようです。 pdfにはその世界地図分布が出ていますが、米国カリフォルニア州辺りの密度が濃いのは、この辺りに国系が多いということでしょうか。
 
DRB1*0301は、イランに多いようです。この点に関しては、例えば、「Human Leukocyte Antigen Class II Allele Frequencies and Haplotype Association in Iranian Normal Population」(2001) in Human Immunology 62, 1234–1238 (2001)には、スモールサンプル100名ですが、下記のように出ていました。
 
DRB1*0301
Iranian
10.0%
Eastern European(ルーマニア)
11.4%
Greek
0%
Southwest Asian(レバノン)
-%
Japanese
-%
South African Negroid
-%  
 
ちなみに、イタリアで今勃発しているミラノを心とした工業地域にはルーマニアからの移民の方々がとても多いですね…。イランの方々100名(byランダムサンプル)は、同国南部のFars地域の方々ですね。ということは、Persiansが多く含まれやすいようです。
 
「This is the first molecular analysis of HLA class II allelic and haplotypic frequency, which gives information about the southern Iranian population of the Fars province.」

なお、とても不思議ですが、コロナウイルス自体は、そのあまりの巨大さ・複雑さで専門家は怪物扱いのようですね…。そして、 旧コロナウイルス遺伝子に99.9%程度似ている遺伝子は、国カブトコウモリ(Chinese horseshoe bats)保有のウイルス(bat SARS-like coronavirus)に見いだされているようですが
同ウイルス禍は2005年ごろに突如姿を消している(上記最初のHLA参考文献)。そして、ちょっと怖いですが、新型コロナウイルスの遺伝子は、先に流行の旧コロナウイルス遺伝子と80%程度しか似ておらず、旧コロナウイルスからの変異なのか、それとも新しい発生源からなのかが分かっていない…。上記の『HLA』専門書の該当著者は、旧コロナウイルスの先祖返り(reverse evolution)の異常な速さに、自然由来とは思えない!人工物ではないだろうか!とも述べています。しかも、同ウイルスの最終段階でウイルス部品の総組を行う際に必須のRNA依存性RNAポリメラーゼの変異がとても速いようです。
 
 
また、3/12付けのWSJ(ウォール・ストリートジャーナル誌)に以下の記事がありました。
 
 
この記事によりますと、2/1にイラン政府が国からの直行便を禁止したにもかかわらず、マーハーン航空@コムだけは、イラン革命防衛隊のイニシアティブで、例外的に1/2以降に43便のイラン⇔国の直行便を運航していたようですね…。恐ろしいですね、これは。
 
なお、下記のようなCoVID-19関連の論文も見つかりました。GoogleランキングでHLA等々の検索でトップに来ますから、結構読まれている論文だと思います。
 
 
「Previous research shows numerous HLA polymorphisms correlate to the
susceptibility of SARS-CoV, such as HLA-B*4601, HLA-B*0703, HLA-DR B1*1202 and HLA-Cw*0801, whereas the HLA-DR0301, HLA-Cw1502 and HLA-A*0201 alleles are related to the protection from SARS infection. In MERS-CoV infection, MHC II molecules, such as HLA-DRB1*11:01 and HLA-DQB1*02:0, are associated with the susceptibility to MERS-CoV infection.」 (Xiaowei Li他(2020)、『Molecular immune pathogenesis and diagnosis of COVID-19 』 (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2095177920302045))
 
この論文の上記文章のに、MERSにかかりやすいHLA遺伝子が二つ(DRB1*11:01 and HLA-DQB1*02:0)明記してあります。この比率は、イラン人平均では、前者が25%、後者が19%ですね。ちなみに、日本人は前者が2.5%で後者が0.5%でした。少し驚くのは、韓国が前者3.8%で後者が8.8%なことです。そのためでしょうか、韓国ではMERS(SARS)に185名(4名)罹患し36名(0名)が死亡しています。日本ではSARSもMERSも感染者ゼロだったと記憶しています
 
前回のSARS(世界総数8437名、致死率910%)では国を心としたアジア系の国々、MERS(世界総数2499名、致死率34%)ではサウジとイランで頻発していました。ところが、CoVIDでは感染力がSARSの10-20倍高まっている(⇔レセプターACE2のドアを開ける鍵が多数ある)ということですから、SARSやMERSにかかりやすい人々にはどちらも猛威をふるっているのではないでしょうかね?ちなみに、SARSの時の罹患者数は、サウジでもイランでもほぼゼロのようですね。
 
イタリア、特にその北部は、ヨーロッパ系の人達でも、東系の人々のHLA遺伝子が数多く含まれているようです。ルネッサンス期にイスラムから数多くのインテリ達が移民してきたようですが、関係ないでしょうかね…?さらに、ヨーロッパ系の人達も十字軍遠征やペスト禍(実はウイルスによる深刻な出血熱?(by 山内一也先生:https://www.jsvetsci.jp/05_byouki/prion/pf159.html))などの歴史の影響もありましょうかね?
 
 
また、前出の HLA-DR0301は、上記の文章にありますように、むしろSARSに抵抗性をもたらすようです。ただし、未だ十分に調べ切れていませんが、 HLA-DR0301は DRB1*11:01やHLA-DQB1*02:0と共起するケースが少なくないようです。
 
 
上記のリンクにあるアニメで、ここ数ヶ月のウイルス(CoVIDー19)の変異状況と武漢から世界諸地域への伝染状況が時系列を含んだ様々な角度から分かります。500種類ぐらいが特定されているようです。武漢だけでも軽く100種類は超えていると読んだことがあります変異したからと言って直ぐに毒性等の機能上の変化が起こるわけではないとは言え、結構興味深いですね。
 
分かり易いのは、カラー=clade(同一系統)にして国別・地域別の特徴を見てみることでした。animate cumulative historyもオンにする。
 
例えばイランのところでは、同国内では分析が進んでいなくてデータ不足のようですが、時系列的に見てみると、どうもコムのcladeと武漢のcladeが同じように見えます。イタリア北部のCladeは、紺色に近い青色になっていて、武漢発のcladeからは結構離れたcladeのようです。
 
また、アメリカで流行り出したCladeもオレンジ色が多いようでして国初の変異の一部が飛び火している感じですね。日本の場合、最初武漢発のCladeで次にオレンジ色のCladeがやってきているようです。
 
私自身にとりましては、時系列的にみますと、ヨーロッパへの侵入がベルギー・ブリュッセル近くのIMEC(半導体R&D世界拠点:同所には国勢も大きく依存)辺りで始まっていることでした。この時は、武漢のCladeに近い色です。
 
人々がどのCladeにやられ易いかは、各地域の住人の「HLA特性」に大きく依存するんだと思います。
 
なお、COVID-19は、ヒトのリボソームで複製した一本鎖+鎖RNA遺伝子やそれを包み込むための(ミトコンドリア等の宿主細胞内小器官から奪ったタンパク質から構成される)鎧諸部品を合わせて総組する機構/ポリメラーゼでの変異が極めて早いようです。その結果、細胞内に入るための様々な鍵を作る能力が高い…。ということは、特定鍵をシャットアウトするためのワクチンを開発しても短期間で抜け道を生み出せる可能性がある、ということかもしれません。人類の40~70%以上が感染するだろうと言われる理由でしょうか。ただしこれは、もっと根元の方に作用する有効なワクチン・治療薬ができると話は異なってくるかもしれません。
 
 
次に、二つの論文で、CoVID-19、SARS、MERSにかかりやすいとされているHAL遺伝子タイプの出現頻度を比較してみました。
 
<二つの論文>
「Preliminary Identification of Potential Vaccine Targets for the COVID-19 Coronavirus (SARS-CoV-2) Based on SARS-CoV Immunological Studies」
 
「Association Between HLA Gene Polymorphism and the Genetic Susceptibility of SARS Infection」by Yuying Sun and Yongzhi Xi 『HLA and Associated Important Diseases 』 (2014)所収
 
 
 
 
この表の数値のほとんどは、http://www.allelefrequencies.net/に一つ一つ遺伝子名を指定して拾っています。すごいサイトがあるものです。一国の中でも色々な地域が明示してある場合もあります。特に中国やイラン、イタリア等々。その他の国のものも、このサイトで調べることができます。
 
なお、以下が数値などの違いを世界地図上にマッピングしたものです。Googleの画像検索で見つけました。
 
 
 
表の数値から判断する限り、日本人は、結構深刻化しにくいようです(青字で明記)。マップにもありますように、ヨーロッパの中でもイタリア北部はかなり特殊のようです(赤字で明記)。
特にイタリア(特に北部)もイランも、MERSに弱いようですね。イランもペルシャ系、クルド系と坩堝のようですが、遺伝子データ特性から見ますと、ペルシャ系が特に下記の遺伝子頻度が高いようです。
 
イランに住み込んだ形の調査をしている友人はSmall Samplesですが、「連絡を取っている知り合いは結構いるのですが、誰も感染してないんですよ。でも確かに、ペルシャ系の知人はいないんです、連絡している知人達には」と言ってました。中国は全てに頻度が高い/弱いですから、もしかしましたら、もう一波乱ありますかね?特に、上記のサイトをご覧になりますと、中国内小数民族系の人達にいくつかのHLA遺伝子で驚くほどの高い値を示している例もありました。

また、下記の文章に相当するY染色体経由でのみ遺伝する染色体ですが、先のHLA-DRB1*11:01以外にも表中でHLA-A*02:01とHLA-B*40:01 for CoVID-19、そして、 HLA-DRB1*11:01+DQB1*02 for MERSが確認できました。

さらに、男女に関しましては、どうも、表中のHLA-DRB1*11:01のように、Y-DNA経由でしか遺伝しない(⇔父親のY染色体経由でのゲノムインプリンティング(擦り込み)によってのみ遺伝する/Paternal Genome Imprinting)ものが存在することが影響しているようです。ということは、通常の女性(XX)には遺伝しないが、XXYなどの女性には遺伝可能。

なお、MERSの場合、

「The global burden of premature mortality due to the Middle East respiratory syndrome (MERS) using standard expected years of life lost, 2012 to 2019」

https://bmcpublichealth.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12889-019-7899-2

によりますと、圧倒的に男性の発症例が多いようです。HLA帰因説の妥当性を一部裏打ちしているように感じられます。ただし、女性も30%弱いるわけですので、表中のHLA-type以外の人達でももちろん感染するということになりますね。

「Most of the global MERS cases were within the age range of 20?79?years old (92.8% [1661/1789]). Males (72.4% [1295/1789]) seem to be more affected than females (27.6% [494/1789]). 」

他方、2003年のSARSの場合、男女差はほとんどなかったようですが、死亡率は男性が優位に高かったようです。(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14742282 参照)。論文(別途参照)によると、男女比率は44%対56%。この事実は、添付の表のなかでSARS関連HLAにはY染色体経由と証明されたものが(未だ)ないこととも整合的ですね。

参考文献
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20160060
https://ashpublications.org/blood/article/120/21/4116/86649/Purified-CD4-T-Lymphocyte-Infusion-Can-Result-in
https://en.wikipedia.org/wiki/Minor_histocompatibility_antigen

精子を構成する遺伝子部分には、脳以外では、格段にウイルス由来のものが多いようですね。Villarrealの本にも、そう書いてありました。

http://www.allelefrequencies.net/hla6002a.asp?all_name=DRB1*11%3A01

また、世界の欄は、Maxを示す地域の明示にしました。
さらに、現状を表す感じですかね・・・。
スペイン、アメリカもやはり凄いですね。これからインドがどうなるかとても心配ですが、結構大変なことになるのではないでしょうかね。スペイン・バスク地方の方々は、やはり、バスク語と同じく、相当に特異のようですね。

なお、これまで老若男女の違いをなかなか説明できなくていましたが、老若に関しては、

https://neurosciencenews.com/covid-19-ace-inhibitors-15972/

から、次のことが明らかになっているようです。

・CoVID-19の侵入箇所である気管支下部にある細胞のACE2タンパク質の数が、心臓疾患・冠動脈血管・糖尿病・高血圧等のトラブルを抱えている多くの老齢者の場合、若年者に比べて、各種の血圧降下剤(“Angiotensin-converting enzyme inhibitors (ACEIs) and angiotensin receptor blockers (ARBs))を多く服用することによって極めて多くなっているため、容易に侵入しやすい。⇔高齢者に日和見感染(compromised infection)が多い理由。


・若年者の場合、通常の風邪の原因の一つであるアルファ・コロナウイルスに気管支上部が感染したりしていて、その抗原を数多く持っているため、CoVID-19の侵入を阻止する効果(cross-protective antibodies効果)が作用している。

さらに、男女に関しましては、どうも、表中のHLA-DRB1*11:01のように、Y-DNA経由で遺伝する(⇔父親からのみのゲノムインプリンティングによって遺伝する/Paternal Genome Inprinting)ものが影響しているようです。


https://www.eupedia.com/forum/threads/31145-HLA-DR11-distribution-map-subtypes-frequencies-and-associated-medical-conditions

「 HLA-DR11 : distribution map, subtypes frequencies and associated medical conditions:
I have made a map showing the allele frequency of HLA-DRB1*11, aka HLA-DR11. It clearly seems to have a West Asian origin, and probably spread alongside Y-DNA haplogroup J2 considering the high frequencies of both in Iran, Armenia, Turkey, Greece, Albania and Italy. The Saudis and North Africans have considerably less DRB11, and also less Y-DNA J2. In North Africa, the Tunisians have the highest frequency of both J2 and DR11.」

参考論文:ACE2-血圧降下剤との相関

 
続報があればまた…